Prova a dare un occhio qui:
http://tech.niques.info/projects/lotus-notes-email-export/
Trovi spiegazioni e codice script per esportare mail da Lotus in formato .eml (quello di Outlook, lo so ...).
Io l\'ho provato e funziona abbastanza bene (a meno di qualche stranezza coni caratteri speciali).
Non ho guardato dentro al codice, quindi non so se sia facile o meno modificarlo per avere una esportazione in altri formati.
In alternativa puoi scriverti un agente che prenda le mail selezionate e una alla volta le mandi in stampa sulla stampante virtuale di PDFCreator o simili
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